В целях эффективной реализации конституционных полномочий Президента Российской Федерации, повышения продуктивности работы федеральных органов власти и усиления контроля за исполнением принимаемых ими решений, институт полномочных представителей Президента в регионах был реорганизован в институт полномочных представителей в федеральных округах. Данное преобразование было осуществлено в соответствии с Указом Президента РФ № 849 от 13 мая 2000 года.
Следует отметить, что Конституция РФ напрямую не упоминает существование института полномочных представителей Президента в федеральных округах. Единственное упоминание о полномочиях главы государства в этой сфере содержится в пункте "к" статьи 83 Конституции, где говорится о праве Президента назначать и освобождать от должности своих представителей. Это общее положение является правовой основой для деятельности всех полномочных представителей Президента России, однако конституционные нормы носят рамочный и довольно неопределенный характер. Отсутствие конкретизации статуса позволяет Президенту России, посредством издания указов, самостоятельно принимать решения относительно своих полномочных представителей в различных государственных органах, включая федеральные округа.
Введение института представителей центральной власти на местах не является инновацией для российской правовой системы. Подобные структуры существуют и в других странах, например, во Франции, где исторически сложилась жесткая вертикаль власти. Там в департаментах и регионах действуют префекты, назначаемые и освобождаемые от должности указом Президента Франции по представлению премьер-министра и министра внутренних дел. Префекты обладают государственной властью на управляемых территориях, представляют премьер-министра и других министров, а также руководят системой государственных децентрализованных служб на местном уровне. Хотя оперативное управление деятельностью префектов осуществляет премьер-министр, они представляют в регионах не только правительство, но и главу государства.
Основные направления деятельности полномочных представителей Президента РФ в федеральных округах обусловлены задачами и функциями, которые на них возложены. Их практическое выполнение позволяет определить правовой статус полномочных представителей и выявить его особенности. К ключевым задачам полномочных представителей, закрепленным в Положении о полномочном представителе, относятся: организация работы по реализации основных направлений внутренней и внешней политики государства, определяемых Президентом России, в соответствующих федеральных округах; обеспечение контроля за исполнением решений федеральных органов государственной власти в федеральных округах; содействие в реализации кадровой политики главы государства в федеральных округах; и регулярное представление Президенту России докладов об обеспечении национальной безопасности, а также о политической, социальной и экономической ситуации в федеральных округах, с внесением соответствующих предложений.